La Unidad de Registro se encarga de liderar la Ventanilla Única de Registro de Agroquímicos, recibe las solicitudes que deben ser analizadas por el SFE-MAG, Ministerio de Salud y el de Ambiente. Una vez que las empresas presentan toda la documentación solicitada según la normativa nacional vigente, los tres Ministerios.
Proceden a realizar el análisis de la información. Y si la solicitud cumple con lo establecido, en la normativa vigente, se procede al registro.
Los análisis que se realizan son de eficacia agronómica (SFE-MAG), análisis de etiqueta y panfleto, análisis toxicológico, ecotoxicológico y destino ambiental. Esto, con el objetivo de asegurar que el producto registrado sea efectivo para el fin agronómico que se persigue y no cause daño a la salud o al ambiente.