La Auditoría Interna es el órgano que brinda servicios de asesoría y fiscalización con relación al fortalecimiento del sistema de control interno y a la disposición de recursos públicos, a efectos de contribuir con la mejora de la gestión asociada a la protección fitosanitaria y garantizar una vigilancia efectiva del cumplimiento del ordenamiento jurídico y técnico aplicable, considerando el accionar de la administración activa; todo lo anterior, en beneficio de los intereses de la institución, usuarios y ciudadanía en general.