El Departamento de Cuarentena Vegetal está presente en todos los puntos de ingreso al país, esto incluye las fronteras terrestres, aéreas y marítimas. Cada uno de estos puntos se denomina Estación de Cuarentena Vegetal, y es donde se realiza la labor de autorización fitosanitaria previa de ingreso. El control que se lleva a cabo es tanto documental como de verificación del estado fitosanitario del producto vegetal, que implica el corroborar la identidad del envío, la inspección del producto y la toma de muestras para análisis de laboratorio (para identificación de plagas y detección de residuos de plaguicidas).
